L'Acceleratore Molecolare è una variante speciale dell' Arrestatore Molecolare, da cui deriva, e ha un funzionamento del tutto diverso. Come l'arma simile, prende alimentazione direttamente dal vapore nell'aria, ma una volta immagazzinato, lo usa per sparare scariche ghiacciate più piccole, ma anche più intense, rispetto alle scariche arrestate. Le scariche accelerate infliggono molti più danni per via della temperatura estremamente bassa e della velocità d'impatto, e sono temute negli scontri a corto raggio. Tuttavia, proprio perchè progettate per massimizzare le ferite nel corto raggio, l'arma è totalmente inutile negli scontri a lunghe distanze, in quanto le scariche si prosciugheranno a contatto con l'aria molto rapidamente, ancor prima di arrivare al bersaglio. I Ceph hanno anche progettato un sensore automatico innestato nell'arma, che identifica le dimesioni del bersaglio selezionato, e in base ad esso, gestisce la potenza della scarica. L'arma può infatti ghiaccare temporaneamente anche i veicoli nemici.