La Guerra fra Umani e Ceph è un conflitto fittizio dell'universo di Crysis. La guerra fu combattuta fra le forze d'invasione dei Ceph e la razza umana. Il conflitto iniziò nell'anno 2018, quando le navi Ceph sotto la superficie terrestre vennero allertate dai bombardamenti fra i Marines USA e i mercenari nordcoreani sulle Isole Lingshan. Le navi Ceph emersero rapidamente e iniziarono a uccidere ogni forma di vita nell'arcipelago per assicurarsi che nessun essere potesse essere avvisato del loro arrivo, quindi molti marines e mercenari morirono nell'arcipelago. In seguito i Ceph decisero di conquistare tutta la Terra, quindi lanciarono un'offensiva su tutta la superficie dl globo. Questo accadde qualche anno più tardi, nel 2023. Gli eventi di questo periodo sono vissuti anche da Alcatraz in Crysis 2.
Isole Lingshan[]
Il primo contatto militare si ebbe alle Isole Lingshan, un arcipelago nell'Oceano Pacifico orientale. Nelle isole si stava combattendo una feroce battaglia fra i Marines USA e i mercenari nordcoreani per il controllo delle tecnologie aliene sepolte sotto l'area. I bombardamenti furono di potenza tale da far entrare in allerta le astronavi sepolte sotto la crosta terrestre, che attivatesi iniziarono a uscire dalla crosta per attaccare gli umani in superficie. I Ceph uccisero quindi tutti i marines e i mercenari che trovarono al momento dell'attacco. I Marines sopravvissuti si ritirarono sulla portaerei USS Constitution, al largo delle isole, insieme alla squadra di supersoldati Raptor, composta da Nomad, Prophet e Psycho, i soli sopravvissuti all'attacco sull'isola della loro squadra. Dopo un'intensa battaglia, i Marines persero il controllo dell'isola, e capendo di avere a che fare con una minaccia molto pericolosa, mandarono un F-35 a nuclearizzare l'isola. Questo però non fece altro che accrescere la potenza degli alieni, al punto che i Ceph crearono una enorme sfera di ghiaccio che arrivò a pietrificare tutto l'arcipelago. In seguito i Ceph attaccarono fisicamente la flotta per rappresaglia, e la portaerei venne danneggiata violentemente. Grazie alle azioni di Nomad, però, la macchina da guerra Ceph venne distrutta e così i Marines fuggirono dall'arcipelago per diffondere a tutti la notizia dei terribili avvenimenti alle isole, e che gli umani non erano ormai più soli sulla Terra. La guerra non viene mai vista o descritta dettagliatamente nell'universo espanso di Crysis ma in Crysis 2 Alcatraz ne vive le fasi iniziali, come l'invasione dei Ceph di New York, e si sa che il conflitto causo' estese perdite da entrambe le parti, specialmente da quella degli umani, e che quasi tutti i Supersoldati di prima e seconda generazione morirono nei vari combattimenti contro i Ceph sulla Terra. Dopo un feroce conflitto che durò dal 2018 a circa il 2046, i Ceph vennero in qualche modo ricacciati via dalla Terra e la specie umana riuscì a evitare l'estinzione, almeno per il momento.
Sulla Terra ci fu in seguito un secondo tentativo di invasione da parte dei Ceph. Dopo il suo risveglio, il Ceph Alfa aprì un portale che collegava al pianeta natale dei Ceph e richiamò a sé una grande legione di alieni per combattere gli umani. Tuttavia, grazie al sabotaggio di Prophet, Psycho e i ribelli, il Ceph Alfa venne distrutto, e data la loro natura simbiotica, tutti i Ceph sulla Terra morirono, scongiurando il pericolo di un'altra guerra con la specie umana che stavolta si sarebbe rivelata apocalittica per la specie. Pare che i Ceph avessero pianificato di attaccare contemporaneamente anche altri luoghi: Isole Lingshan, New York, Sud America, Alaska, Londra, Africa, Cina e in Australia.